Antes de retirar la memoria del puerto USB hay que asegurarse de notificarlo al sistema operativo (desmontar en GNU/Linux o "Quitar el Hardware con seguridad " desde el "Administrador de dispositivos" en Windows).

Si no se hace puede dañar su sistema operativo ya que no se le da aviso de que está sacando el dispositivo de memoria externa y no cierra correctamente los procesos. Esto es obligatorio hasta Windows 2000 y voluntario en XP, el cual permite elegir un modo de desconexión más simple.

Si se saca antes de tiempo puede que los archivos se graben mal. Incluso se puede dañar la memoria ya que hay electricidad que fluye a través del USB y que al sacarlo rápidamente podría dañar al chip. El cuidado de los pendrive o memorias USB es similar al de las tarjetas. Hay que evitar el daño físico, la humedad, los campos magnéticos y el calor extremo.