Ya no es sólo luchar contra un enemigo en común, los Sin Corazón, ahora son los incorpóreos, cuerpos que al ser desprovistos de su corazón se vuelven incorpóreos, a la orden de la Organización XIII. Soroa, Donal y Goffy darán desenlace a lo sucedido en Chain Of Memory, título necesario para entender esta trama de la historia. La historia se ha puesto más seria y con una sombría forma de tratar la trama... Todo se vuelve un completo caos cuando Sora descubre... La búsqueda de Riku, luego de que este junto al rey se internara en las profundidades de las sombras para cerrar el mundo de Kingdom Hearts. Nuevos escenarios, viajes más dinámicos, viejos amigos en nuevas apariencias..... nueva forma de luchar y adversarios que harán todo lo posible por apoderarse de los corazones.